Song thân

• Cha:
  • Thiên hoàng Kōmei (Hiếu Minh)
• Mẹ:
  • Nakayama Yoshiko, Hoàng phi (gon no tenji) của Thiên hoàng Kōmei,

Vợ

• Hoàng hậu:
  • Ichijō Masako, tức Chiêu Hiến Hoàng hậu. Ngày 2 tháng 9 năm 1867 đổi tên thành "Mỹ Tử" (Miko hay Haruko). Chiêu Hiến là Hoàng hậu Nhật Bản đầu tiên có hình ảnh được phổ biến rộng rãi trong công chúng, tuy nhiên một điều đáng tiếc là bà không thể có con với Thiên hoàng. Vì thế, 15 người con của Thiên hoàng Minh Trị là con của Thiên hoàng với 5 thị nữ của ông.
• Các Hoàng phi:
  • Thị nữ Mitsuko (1853 - 1873), không có nhiều thông tin về thị nữ Mitsuko, dù vậy bà đã sinh cho Thiên hoàng người con trai đầu lòng. Bà mất khi sinh đẻ.
  • Thị nữ Natsuko (1856 – 1873), không có nhiều thông tin về thị nữ Natsuko, dù vậy bà đã sinh cho Thiên hoàng người con gái đầu lòng và cũng chết khi sinh đẻ.
  • Yanagiwara Naruko (1855 – 1943)
  • Chigusa Kotoko (1855 – 1944)
  • Sono Sachiko (1867 – 1947)

Con cái

Ông có 15 người con, được sinh bởi các thị nữ chính thức. Trong số các con của ông, chỉ có năm người, một hoàng tử con của thị nữ Naruko (1855–1943), con gái của Yanagiwara Mitsunaru, và 4 công chúa con của thị nữ Sachiko (1867–1947), con gái cả của Bá tước Sono Motosachi, không bị chết yểu. Họ bao gồm:

• Thân vương Haru Yoshihito (Haru no miya Yoshihito Shinnō), con trai thứ ba, (31 tháng 8 năm 1879 – 25 tháng 12 năm 1926), được phong làm Đông cung Thái tử, sau này là Thiên hoàng Đại Chính (Taishō-tennō).
• Nội Thân vương Tsune Masako (Tsune-no-miya Masako Naishinnō, つねのみや まさこ, 常宮昌子内親王), con gái thứ sáu, (30 tháng 9 năm 1888 – 8 tháng 3 năm 1940), kết hôn với Vương tước Takeda Tsunehisa (Takeda-no-miya Tsunehisa ō, 22 tháng 9 năm 1882 – 23 tháng 4 năm 1919) ở Hoàng cung, Tōkyō, 30 tháng 4 năm 1908, và có con
• Nội Thân vương Kane Fusako (Kane-no-miya Fusako Naishinnō, かねのみや ふさこ, 周宮房子内親王), con gái thứ bảy, (28 tháng 1 năm 1890 – 11 tháng 8 năm 1974), kết hôn với Vương tước Kitashirakawa Naruhisa (Kitashirakawa-no-miya Naruhisa ō, 1 tháng 4 năm 1887 – 2 tháng 4 năm 1923) ngày 29 tháng 4 năm 1909 ở Hoàng cung, Tōkyō, và có con.
• Nội Thân vương Fumi Nobuko (Fumi-no-miya Nobuko Naishinnō, ふみのみや のぶこ, 富美宮允子内親王), con gái thứ tám, (7 tháng 8 năm 1891 – 3 tháng 11 năm 1933), kết hôn với Vương tước Asaka Yasuhiko (Asaka-no-miya Yasuhiko ō, 2 tháng 10 năm 1887 – 13 tháng 4 năm 1981) ngày 6 tháng 5 năm 1909 tại Hoàng cung, Tōkyō, và có con.
• Nội Thân vương Yasui Toshiko (Yasui-no-miya Toshiko Naishinnō, やすのみや としこ, 泰宮聡子内親王), con gái thứ 9, (11 tháng 5 năm 1896 – 5 tháng 3 năm 1978), kết hôn với Vương tước Higashikuni Naruhiko ngày 18 tháng 5 năm 1915 (Higashikuni-no-miya Naruhiko ô, 3 tháng 12 năm 1887 – 20 tháng 1 năm 1990), và có con.

Tất cả 15 người con của Thiên hoàng Minh Trị bao gồm: